En la naturaleza existen muchas moléculas que los científicos representan con hexágonos.

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Un grano minúsculo de grafito esta formado por miles de millones de átomos de carbono ordenados en capas con estructura hexagonal como se muestra en la figura. Las capas se apilan unas sobre otras pero sin formar enlaces químicos entre ellas, y esta estructura es precisamente la que da al grafito sus propiedades (es blando y exfoliable, se usa como lubricante sólido).